Pôsobnosť úradu vychádza z pôsobnosti ministerstva ako ústredného orgánu štátnej správy SR upravenej v Ústave SR, ústavných zákonoch, zákonoch a iných všeobecne záväzných právnych predpisoch, v organizačnom poriadku ministerstva a organizačnom poriadku Prezídia.
Úrad je centrálne organizovaným, výkonným, analytickým, organizačným a koordinačným pracoviskom prezídia, špecializovaným na boj proti korupcii, s výberovou príslušnosťou pri operatívnom odhaľovaní, operatívnom rozpracovaní a trestno-procesnom dokumentovaní trestnej činnosti páchanej zločineckými skupinami, v odhaľovaní, dokumentovaní a vyšetrovaní vybraných prípadov závažnej ekonomickej trestnej činnosti a trestnej činnosti s vecnou príslušnosťou špeciálneho prokurátora v oblasti:
a) korupcie súvisiacej s výkonom právomoci volených alebo menovaných funkcionárov a iných zodpovedných pracovníkov štátnej správy a samosprávy pri plnení úloh, ktoré im boli zverené podľa všeobecne záväzných právnych predpisov a všetkých foriem korupčného jednania realizovaného organizovanou zločineckou skupinou v súvislosti s prenikaním do štruktúr štátnej správy a samosprávy,
b) nakladania s finančnými prostriedkami a majetkom štátu, štátnej správy a samosprávy, vrátane jednotlivých foriem korupčného jednania s tým súvisiacim, nakladaním s účelovo viazanými finančnými prostriedkami štátu, so zahraničnými dotáciami a štátnymi hmotnými rezervami,
c) činnosti bánk a bežného fungovania bankového systému,
d) činnosti iných právnických a fyzických osôb, ktoré majú povolenie k prevádzaniu finančných služieb,
e) pôsobnosti Ministerstva financií SR, najmä pri plnení úloh dohľadu nad dodržiavaním rozpočtových pravidiel pri hospodárení s prostriedkami štátneho a verejného rozpočtu, s majetkom štátnej správy a samosprávy, finančným a kapitálovým trhom, ochranou štátnych investícií, poisťovníctva, penzijného fondu a činnosti proti legalizácii príjmov z trestnej činnosti,
f) nelegálnych finančných operácii republikového a medzinárodného rozsahu za spolupráce s inými útvarmi polície, mimorezortnými orgánmi štátnej správy a zahraničnými špecializovanými policajnými zbormi.
Úrad získava, zhromažďuje, vyhodnocuje a analyzuje informácie vzťahujúce sa k odhaľovaniu, dokumentovaniu, vyšetrovaniu a zisťovaniu páchateľov trestných činov v pôsobnosti úradu:
- odhalených vlastnou vyhľadávacou činnosťou,
- ktoré mu boli pridelené alebo oznámené,
- ak to vyžaduje operatívna situácia.
V súvislosti s odhaľovaním a vyšetrovaním trestných činov, ktoré spadajú do pôsobnosti úradu si môže úrad vyžiadať postúpenie spisového materiálu a trestných spisov z iných súčastí Policajného zboru.
Úrad vykonáva preventívne a rozkladné opatrenia. Rozkladným opatrením sa rozumie výrazné obmedzenie alebo zamedzenie páchania trestnej činnosti v oblasti korupcie a páchania trestnej činnosti organizovanou skupinou alebo zločineckou skupinou.