Do oddelenia Heterokontophyta patria tie skupiny rias, ktorých bičíkaté bunky sú heterokontné, t.j. pohybujú sa jedným dlhým pleuronematickým bičíkom (plávací bičík) a jedným kratším (akronematickým), zvyčajne dozadu ohnutým bičíkom. Pleuronematický bičík má dva rady bičíkových vláskov (mastigonéma), ktoré sa skladajú z troch základných častí: z bázy, tubulárnej časti a z jedného až viacerých terminálnych vláskov. Bičíkové vlásky sa tvoria v cisternách endoplazmatického retikula. Chloroplast sa neobaľuje iba dvojitými chloroplastovými membránami, ale je ešte obklopený záhybom endoplazmatického retikula. Tieto záhyby spolu s jadrovými membránami, ktoré sú takisto obalené záhybmi endoplazmatickéhé retikula, môžu tvoriť jeden celok v prípade, keď chloroplast je pritisnutý na jadro. V chloroplastových lamelách sú vždy tri tylakoidy. Pod chloroplastovými membránami ležia pásikovité lamely v rovnakých vzdialenostiach. V blízkosti bázy dozadu ohnutého bičíka je vydutina, na ktorej sa často nachádza konkávna časť stigmy. Stigma je tesne pod povrchom prednej časti bunky, tvorí súčasť chloroplastu a skladá sa z radu pigmentových globulí. Golgiho aparát (diktyozóm) je jeden alebo ich je viac a je pritisnutý na prednej časti jadra. Na strane jadrovej membrány obrátenej k diktyozómu sa oddeľujú nové mechúriky diktyozómu a na opačnej strane diktyozómu sa mechúriky oddeľujú a pukajú. Chloroplasty obsahujú chlorofyl a, c a rozličné karotenoidy. Rezervné polysacharidy sa tvoria mimo chloroplastu, pri niektorých skupinách rias sa ukladajú na pyrenoid.