Kryptomonády sú jednobunkové pohyblivé bičíkovce s charakteristickou dorziventrálnou stavbou tela (obr. 1). Bunky majú dva nerovnako dlhé bičíky, obidva sú smerové, alebo jeden je smerový a druhý vlečný. Dlhší bičík má dva rady vláskov (mastigoném) dlhých do 2,5 um a s tenkým koncom. Kratší bičík má iba jeden rad mastigoném dlhých do 1 um, alebo je holý. Bunky (obr. 1) sú na dorzálnej strany vyklenuté, na ventrálnej ploché alebo vyduté, na apexe zošikmené a s priehlbinkou, z ktorej niekedy vybieha zvyčajne šikmo plytká ventrálna ryha (brázda) nesiahajúca až na antapex. V týchto miestach vyúsťuje hltanček, ktorý niektorým druhom chýba. Na stenách hltančeka, okolo jeho ústia alebo pozdĺž ventrálnej ryhy sa zoskupujú nápadné vymrštiteľné telieska, ejektozómy (predtým sa nazývali trichocysty). V elektrónovom mikroskope sa ejektozómy javia ako valec skladajúci sa s husto navinutého pásika dlhého 300-400 nm. Pásik sa dovnútra zužuje, takže na priereze pripomína tvar motýľa. Pri podráždení sa prudko vymršťuje, pričom bunka robí rýchle a náhle pohyby dozadu. Ejektozómy vznikajú pravdepodobne v mechúrikoch Golgiho aparátu. Ejektozómy kryptomonád sa zreteľne odlišujú od trichocýst panciernatiek a zeleniviek. Obidva bičíky vyrastajú v blízkosti hltančeka a sú upevnené dlhým koreňom (rizoplastom). Veľké jadro leží v antapikálnej časti bunky. Počet chromozómov je pomerne dosť veľký (asi 40 až 210). V apikálnej časti bunky leží pulzujúca vakuola, niekedy je pulzujúcich vakuol viac. Vedľa hltančeka na dorzálnej strane bunky sú dve oválne a výrazne svetlolomné Maupasove telieska nejasnej funkcie. Telieska obsahujú veľa lipoproteínových membrán a vlákien. Usudzuje sa, že slúžia asi na odbúravanie niektorých bunkových organel, najmä nadbytočných ejektozómov. Bunky sú obalené pomerne tuhým periplastom zloženým z pravouhlých alebo polygonálnych bielkovinových doštičiek. Pod periplastom ležia drobné guľovité ejektozómy.
Chloroplasty sú obalené záhybom endoplazmatického retikula. Ak chloroplast leží vedľa jadra, tvorí endoplazmatické retikulum jadra a chloroplastu jeden celok. V chloroplastových lamelách sú vždy dva tylakoidy, obvodová prstencovitá lamela chýba. Stigma sa vyskytuje ojedinele. Podobne ako pri Heterokontophyta sa skladá z radu guľôčok nachádzajúcich sa v strednej časti bunky priamo pod povrchom chloroplastu. Stigma nemá spojenie s bičíkom ako pri Heterokontophyta. Pyrenoid je na vnútornej strane chloroplastu, vyčnieva do cytoplazmy a neobsahuje tylakoidy. Chloroplasty sú 1-2, hnedé až žltohnedé, olivovozelené, hnedočervené až červenkasté alebo modrozelené. Chlorofyly a a c sú zvyčajne zastreté prídavnými farbivami, alfa, beta-karoténom, xantofylmi aloxantínom, krokoxantínom, diatoxantínom a monadoxantínom. Okrem toho sa v niektorých rodoch vyskytuje fykocyanín (kryptomonádový) a fykoerytrín (kryptomonádový), ktoré však na rozdiel od Cyanophyceae a Rhodophyceae nie sú uložené vo fykobilizómoch. Najdôležitejšou zásobnou látkou je škrob, ktorý sa ukladá na pyrenoide v podobe zrniek. Okrem toho sa vyskytuje olej.
Obr. (1.10.)1: Ultraštruktúra bunky rodu Cryptomonas
Kryptomonády sa rozmnožujú pozdĺžnym delením bunky na dve časti v pohyblivom alebo slizovom štádiu, zriedka delením pokojových guľovitých cýst vo vrstevnatom slize. Pokojové štádiá sú cysty s výrazne hrubou stenou. Pohlavné rozmnožovanie sa nepozorovalo.
Oddelenie má jednu triedu Cryptophyceae s jedným radom Cryptomonadales a niekoľkými čeľaďami. Opísalo sa asi 21 rodov so 120 druhmi (napr. Cryptomonas curvata, obr. 2:1; Rhodomonas pusilla, obr. 2:2; Chroomonas nordstedtii, obr. 2:3; Chilomonas paramaecium, obr. 2:4).
Obr. (1.10.)2: Cryptophyceae
1 Cryptomonas curvata, 2 Rhodomonas pusilla, 3 Chroomonas nordstedtii, 4 Chilomonas paramaecium