Kryptomonády sú jednobunkové pohyblivé bičíkovce s charakteristickou dorziventrálnou stavbou tela (obr. 1). Bunky majú dva nerovnako dlhé bičíky, obidva sú smerové, alebo jeden je smerový a druhý vlečný. Dlhší bičík má dva rady vláskov (mastigoném) dlhých do 2,5 um a s tenkým koncom. Kratší bičík má iba jeden rad mastigoném dlhých do 1 um, alebo je holý. Bunky (obr. 1) sú na dorzálnej strany vyklenuté, na ventrálnej ploché alebo vyduté, na apexe zošikmené a s priehlbinkou, z ktorej niekedy vybieha zvyčajne šikmo plytká ventrálna ryha (brázda) nesiahajúca až na antapex. V týchto miestach vyúsťuje hltanček, ktorý niektorým druhom chýba. Na stenách hltančeka, okolo jeho ústia alebo pozdĺž ventrálnej ryhy sa zoskupujú nápadné vymrštiteľné telieska, ejektozómy (predtým sa nazývali trichocysty). V elektrónovom mikroskope sa ejektozómy javia ako valec skladajúci sa s husto navinutého pásika dlhého 300-400 nm. Pásik sa dovnútra zužuje, takže na priereze pripomína tvar motýľa. Pri podráždení sa prudko vymršťuje, pričom bunka robí rýchle a náhle pohyby dozadu. Ejektozómy vznikajú pravdepodobne v mechúrikoch Golgiho aparátu. Ejektozómy kryptomonád sa zreteľne odlišujú od trichocýst panciernatiek a zeleniviek. Obidva bičíky vyrastajú v blízkosti hltančeka a sú upevnené dlhým koreňom (rizoplastom). Veľké jadro leží v antapikálnej časti bunky. Počet chromozómov je pomerne dosť veľký (asi 40 až 210). V apikálnej časti bunky leží pulzujúca vakuola, niekedy je pulzujúcich vakuol viac. Vedľa hltančeka na dorzálnej strane bunky sú dve oválne a výrazne svetlolomné Maupasove telieska nejasnej funkcie. Telieska obsahujú veľa lipoproteínových membrán a vlákien. Usudzuje sa, že slúžia asi na odbúravanie niektorých bunkových organel, najmä nadbytočných ejektozómov. Bunky sú obalené pomerne tuhým periplastom zloženým z pravouhlých alebo polygonálnych bielkovinových doštičiek. Pod periplastom ležia drobné guľovité ejektozómy.