Prvou bola Trnavská Univerzita. Ostrihomský arcibiskup Peter Pázmaň vymohol v máji 1635 od panovníka Ferdinanda II. vydanie zakladajúcej listiny pre katolícku univerzitu v Trnave. Vyučovať sa začalo 13. novembra 1635, a to na filozofickej a teologickej fakulte. Univerzitu spravovali jezuiti (preto jezuitská), prvým dekanom filozofickej fakulty bol Tomáš Jásberéni. Roku 1637 udelili hodnosť bakalárov 26(24) absolventom a o rok neskôr titul magistrov 14 absolventom filozofickej fakulty. V školskom roku 1667/1668 sa začalo vyučovať aj na právnickej fakulte, ktorá vznikla za podpory arcibiskupov Imricha Lóšiho a Juraja Lipaiho. Prednášalo sa na katedrách občianskeho, cirkevného a uhorského práva. Na univerzite pôsobilo 20 profesorov a navštevovalo ju asi 1900 študentov. Univerzita sa dobudovala až o sto rokov neskôr založením lekárskej fakulty (1770). V tom čase sa uskutočnila reorganizácia univerzitného štúdia v duchu osvietenstva a univerzita sa stala modernou vysokoškolskou ustanovizňou. Bola poštátnená a vyučovať na nej mohli i profesori, ktorí neboli členmi jezuitského rádu. Pri univerzite bola tlačiareň, observatórium a botanická záhrada. Pedagogickú i vedeckú činnosť reprezentovali mnohí významní učenci: Martin Palkovič z Chtelnice, M. Sentiváni, A. Adáni, A. Revický, A. Jaslinský, J. K. Horvát, J. Winterl a ďalší. Roku 1777 ju presťahovali do Budína.