Hoci sa predpokladá, že Maďari Veľkú Moravu roku 907 zničili a – hoci väčšina územia Slovenska ešte na dlhú dobu nie – Bratislava sa dostala pod ich nadvládu, ich prítomnosť na území Bratislavy nie je až do 12. storočia nijako doložená a práve naopak pokračuje slovanské/slovenské osídlenie. Správu mesta teda prenechali Slovákom.
Vývoj v 10. storočí je veľmi nejasný. Osídlenie na hrade, pod ním a v Devíne pokračovalo. V 10. storočí začali stavali stavať nový kamenný hrad (možno ako obranu proti Maďarom), no nedokončili ho. Existujú náznaky toho, že niekedy medzi rokmi 992(?) a 1002(?) bola Bratislava s okolím súčasťou Bavorska (Svätá rímska ríša), až kým roku 1002(?) Gizela, dcéra Henricha II. Bavorského toto územie nedala ako veno Štefanovi I., jej novému manželovi a prvému kráľovi, s ktorým jeden čas sídlila v Nitre.
Od čias vlády Štefana I. ako uhorského kráľa (1000–1038) toho už vieme podstatne viac. Tradícia Bratislavy ako významného veľkomoravského mesta očividne pretrvávala. Štefan I. tu dal raziť mince s nápisom PRESLAV(V)A CIV(ITAS), čiže hrad/mesto Preslava-Bratislava (pred nedávnym objavom týchto mincí sa mylne predpokladalo, že nápis znel (B)reslava civitas).O význame hradu svedčí aj veľký počet zmienok o tom, ako sa práve bratislavský hrad stával útočiskom členov kráľovskej rodiny pri zápasoch o trón a ako odolával nemeckým útokom. Hrad bol sídlom vojenskej posádky a:
cirkevnej správy: V 10. stor. tu vznikol nový kostol a pri ňom sídlo cirkevnej správy, neskôr tu sídlilo prepošstvo s kapitulou (v 13. stor. sa kostol aj s prepošstvom (r. 1204) presťahovali do mesta, roku 1221 nasledoval aj prepošt) svetskej správy: Hrad bol sídlom Bratislavského komitátu (od čias Štefana I.) a župana. Županmi boli často šľachtici očividne slovenského pôvodu (Levka 1135, Ivanka 1248, Jaroslav 1298) V 12. storočí bol Bratislavský hrad jedným z najlepšie opevnených hradov v Uhorsku a fungoval aj ako miesto turnajov a večierkov uhorských kráľov.
Východne od hradu sa už definitívne formuje jadro vznikajúceho mesta. Sídelné jadrá tvorili jednak Podhradie v užšom zmysle (Osada sv.Mikuláša) priamo pod hradom, kde v 11. storočí postavili kostol-rotundu (hneď vedľa dnešného Kostola sv. Mikuláša), a jednak susedný priestor asi po dnešné Hlavné námestie (ktorý bol umiestnený tak, že mu nehrozili stále záplavy). Roku 1002 sa spomínajú (interpolovaná zmienka) príjmy z mýta trhovej osady pod hradom, roku 1151 sa spomína miestny trh. Herrimannova kronika k roku 1042 hovorí o Bratislave ako o „veľmi zaľudnenej“. Sicílsky Arab Al Idrídí pokladal Bratislavu 12. storočia za „stredne veľké mesto“ s tesne vedľa seba budovanými domami. Výhodná poloha pri dunajskom brode a na križovatke Jantárovej a Podunajskej cesty podporovali vývoj osady, takže najneskôr od roku 1200 už môžeme definitívne hovoriť o Bratislave ako meste. Dokazuje to aj najstaršie typárium pečate komunity mešťanov, ďalej fakt, že dedina Krásna Ves (Széplak) bola roku 1288 darovaná Bratislave (čo by nešlo, ak by Bratislava nebola mestom), ako aj to, že v listinách z rokov 1279, 1280 a 1288 (teda pred rokom 1291) sa o Bratislava jasne hovorí ako o meste - dokonca roku 1288 kráľ Ladislav Kumánsky Bratislavu nazýva „mesto naše kráľovské“ (civitas nostra regalis). 2. decembra 1291 boli každopádne Bratislave (už predtým zvanej a považovanej za mesto) jej mestské výsady potvrdené kráľom Ondrejom III. (pozri Veľké privilégium pre Bratislavu). Udelením týchto výsad trhovej osade sa oddelilo tzv. Podhradie v užšom zmysle od zvyšku mesta a na rozdiel od mesta naďalej podliehalo hradu. Právne zjednotené s Bratislavou bolo až v roku 1848, kedy sa už tiahlo aj na juh od hradu. Veľké privilégium spomína aj „predmestia“, z čoho logicky vyplýva. že už vtedy bolo mesto dávno ohradené hradbami (hradby boli výrazne prestavané roku 1311).
Aj v Devíne možno doložiť kontinuitu osídlenia a podobne ako vo vlastnej Bratislave aj tu v 13. storočí presunuli kostol a cirkevnú správu pod hrad do osady.
V tomto období sa stali tieto hlavné politické udalosti:
1030: české knieža Břetislav I., ako účastník výpravy rímsko-nemeckého cisára Konráda II. proti Uhorsku spustošil západné Slovensko a podnikol útok na Bratislavský hrad; porazil ho uhorský kráľ 1042: Břetislav I. a vojská rímsko-nemeckého cisára Henricha III., ktorý bol v konflikte s novým uhorským kráľom Samuelom Abom, dočasne dobyli Bratislavu; Henrich podnikol ešte jeden útok roku 1043 1052: Henrich III. 2 mesiace bezúspešne obliehal statočne sa brániaci Bratislavský hrad, pričom hrad značne poškodil. Podľa údajov Viedenskej obrázkovej kroniky sa jeden z obrancov hradu v noci priblížil k nepriateľským lodiam na Dunaji a potopil ich. Následný mier medzi Henrichom a uhorským kráľom (1053) musel sprostredkovať sám pápež Lev IX., ktorý špeciálne kvôli tomu prišiel do Bratislavy. 1073–1074: Uhorský kráľ Šalamún, ktorý počas svojich bojov proti nitrianskym kniežatám Gejzovi a Ladislavovi sídlil v Bratislave, dal opraviť hrad poškodený roku 1052 1108: Rímsko-nemecký cisár Henrich V. spolu s českým kniežaťom Svatoplukom obsadili Považie a snažili sa dobyť Bratislavský hrad. O rok neskôr stroskotal ďalší útok Čechov (podniknutý ako pomsta za uhorský útok na Morave) 1146: Rakúske knieža Boris uchádzajúce sa o uhorský trón sa s pomocou nemeckých žoldnierov náhlym útokom zmocnil Bratislavského hradu, ale uhorský kráľ ho od nemeckých rytierov (s doplnením o výkupné) vydobyl späť
- 60. roky 12.stor.: Uhorský kráľ Štefan III., v boji proti domácej opozícii, býva na Bratislavskom hrade, odkiaľ ovláda jeho okolie, a dal vylepšiť jeho opevnenie